Betriebsprüfung in der Immobilien-GmbH: Die fünf häufigsten Prüffelder.

Stefan Staib, Steuerberater · Stand: Oktober 2026 · Lesezeit ca. 3 Minuten

Die Immobilien-GmbH ist steuerlich attraktiv, weil sie laufende Mieten mit rund 15,8 % belastet. Genau deshalb schaut die Betriebsprüfung genau hin. In der Praxis wiederholen sich fünf Prüffelder. Wer sie kennt, kann sie lange vor der Prüfungsanordnung absichern.

1. Die erweiterte Gewerbesteuerkürzung.

Die niedrige Steuerbelastung steht und fällt mit der erweiterten Kürzung (§ 9 Nr. 1 Satz 2 GewStG). Sie setzt voraus, dass die GmbH ausschließlich eigenen Grundbesitz verwaltet. Schon kleine Nebentätigkeiten können sie kosten – für das ganze Jahr.

Typische Risiken sind mitvermietete Betriebsvorrichtungen, Dienstleistungen an Mieter, Stromverkauf aus Photovoltaik oder Ladestationen über die gesetzlichen Bagatellgrenzen hinaus und die Vermietung an eine Gesellschaft des Gesellschafters. Ohne Kürzung steigt die Belastung auf rund 30 %.

2. Die Kaufpreisaufteilung.

Abschreiben lässt sich nur der Gebäudeanteil, nicht der Grund und Boden. Prüfer ziehen gern die Arbeitshilfe der Finanzverwaltung heran, die in teuren Lagen oft einen hohen Bodenanteil ergibt. Der Bundesfinanzhof hat die Arbeitshilfe relativiert. Eine Aufteilung im Kaufvertrag oder ein Gutachten stärkt Ihre Position deutlich.

3. Anschaffungsnahe Herstellungskosten.

Instandsetzungskosten in den ersten drei Jahren nach dem Kauf sind nicht sofort abziehbar, wenn sie 15 % der Gebäudeanschaffungskosten übersteigen. Sie werden dann über die Nutzungsdauer abgeschrieben. Prüfer rechnen hier regelmäßig nach – auch bei Kosten, die erst im vierten Jahr abgerechnet, aber früher beauftragt wurden.

4. Verdeckte Gewinnausschüttungen.

Wo Gesellschafter und GmbH Geschäfte miteinander machen, sucht die Prüfung nach Vorteilen, die einem Fremden nicht gewährt würden:

• der Gesellschafter oder ein Angehöriger wohnt verbilligt in einer Wohnung der GmbH
• Gesellschafterdarlehen mit unüblichen Zinsen oder ohne Tilgungsplan
• Geschäftsführervergütung ohne klare Vereinbarung im Voraus
• Kauf oder Verkauf von Immobilien zwischen GmbH und Gesellschafter zu nicht marktgerechten Preisen

Beim beherrschenden Gesellschafter gilt zusätzlich: Vereinbarungen müssen im Voraus klar, schriftlich und tatsächlich durchgeführt sein.

5. Umsatzsteuer und Vorsteuer.

Bei gewerblich vermieteten Objekten optiert die GmbH häufig zur Umsatzsteuer, um die Vorsteuer aus Kauf und Sanierung zu erhalten. Prüfer kontrollieren, ob die Mieter tatsächlich vorsteuerabzugsberechtigt sind, ob sich die Nutzung geändert hat und ob Vorsteuer nach § 15a UStG zu berichtigen ist. Ein Mieterwechsel zu einem Arzt oder einer Bank kann so Jahre später zu Rückzahlungen führen.

So bereiten Sie sich vor.

• Kürzung jährlich prüfen: Eine kurze Checkliste zum Jahresende kostet wenig und schützt die wichtigste Steuervergünstigung.
• Verträge mit Gesellschaftern sauber dokumentieren: Miet-, Darlehens- und Geschäftsführerverträge schriftlich, fremdüblich und vorab.
• Kaufpreisaufteilung festhalten: im Kaufvertrag oder per Gutachten.
• Sanierungen planen: Maßnahmen in den ersten drei Jahren auf die 15-%-Grenze abstimmen.
• Früh einbinden: Mit der Prüfungsanordnung beginnt die Prüfung. Wer Ansprechpartner, Unterlagen und Argumente vorbereitet, steuert das Verfahren mit.

Fazit.

Die meisten Feststellungen in Immobilien-GmbHs lassen sich vermeiden, wenn die Struktur von Anfang an prüfungsfest aufgesetzt und jährlich kontrolliert wird. Und wenn die Prüfung kommt, entscheidet die Vorbereitung über das Ergebnis.

Dieser Beitrag dient der allgemeinen Information und ersetzt keine individuelle steuerliche oder rechtliche Beratung. Rechtsstand: Oktober 2026. Für die Richtigkeit im Einzelfall übernehmen wir keine Gewähr.